Osim što je predsjednik češke vlade, Babiš je i drugi najbogatiji Čeh koji u svom portfelju ima koncern Agrofert.
Nevladina udruga Transparency International je protiv Babiša pokrenula nekoliko različitih istraga zbog sumnje na sukob interesa, navodeći da je tvrtka čiji je on vlasnik proteklih godina primala sredstva iz fondova EU. Zbog toga, navode, postoji opravdana sumnja da je premijer koristio svoju državničku funkciju kako bi unaprijedio vlastito poslovanje i maksimizirao dobit svoje kompanije.
- Babiš je trenutno u uistinu nevjerojatnoj poziciji; da kao premijer jedne države bude glavni primatelj poticaja Europske unije – zaključio je David Ondracka, čelnik češkog predstavništva udruge Transparency International u razgovoru s novinarima AFP-a, zaključivši da se premijer svakako nalazi u sukobu interesa i da bi trebao biti suspendiran.
Prema navodima čeških medija, Babišova tvrtka Agrofert je 2017. godine dobila 82 milijuna eura iz fondova Europske unije.
- Moglo bi se reći da Europska unija sufinancira lokalnog oligarha – dodao je.
Predstavnici udruge Transparency Internationala su u suradnji s članovima Piratske stranke poslali upit Europskoj komisiji tražeći službeno očitovanje o tom pitanju. Iako će Komisija svoju konačnu presudu donijeti tek na proljeće, pretpostavlja se u travnju, njezini su dužnosnici istaknuli da su spremni ozbiljno razmotriti iznesene optužbe.
Babiš je oštro odbacio optužbe, a najavio je da će u narednim tjednima 'uložiti žalbu zbog političkog linča kojeg protiv njega pokušava pokrenuti oporba'.
Međutim, pravni stručnjaci Europske unije navode da bi se Babiševa situacija uistinu mogla okarakterizirati kao 'sukob interesa', s obzirom na to da javni službenici ne bi trebali imati ovlasti nad alokacijom sredstava EU za tvrtku koja je u njihovom vlasništvu.
Podsjetimo, Babiš svoj politički uspjeh može zahvaliti populističkom pokretu ANO kojeg je oformio 2011. godine. Premijer se trenutno nalazi pod istragom zbog sumnje na zloupotrebu sredstava iz fondova EU u vrijednosti od 2 milijuna eura tijekom 2007. godine.